Allir þátttakendur í Fossavatnsgöngunni fá sérsleginn verðlaunapening að göngu lokinni auk þess sem þrír fremstu keppendur í hverjum flokki eru heiðraðir sérstaklega.

Nokkrir farandbikarar eru veittir í göngunni og ber þar fyrst að nefna Pétursbikarinn sem veittur er þeim skíðamanni sem fyrstur kemur í mark úr 20 km göngunni, óháð aldri eða kyni. Það var Netagerð Vestfjarða sem gaf þennan verðlaunagrip til minningar um Pétur Pétursson, netagerðarmeistara. Pétur var mikill skíðamaður og tíður þátttakandi í Fossavatnsgöngunni, síðast árið 1991 þegar hann gekk 7 km, þá 87 ára gamall.

Íþróttafélagið Vasa2000 hefur gefið fimm farandbikara sem keppt er um í Fossavatnsgöngunni. Einn er veittur fyrsta keppanda í 50 km göngunni, annar fyrir fyrstu konu í 20 km göngunni, þriðji fyrir fyrsta einstakling í 10 km göngunni, sá fjórði fyrir fyrsta einstakling í 7 km göngunni og sá fimmti fyrir fyrstu sveit í liðakeppni í 20 km.